La Corte costituzionale, giudicando sulle questioni di legittimità costituzionale poste con le ordinanze n. 397/08 e n. 398/08 del Tribunale di Milano e n. 9/09 del GIP del Tribunale di Roma ha dichiarato l'illegittimità costituzionale dell'art. 1 della legge 23 luglio 2008, n. 124 per violazione degli articoli 3 e 138 della Costituzione. Ha altresì dichiarato inammissibili le questioni di legittimità costituzionale della stessa disposizione proposte dal GIP del Tribunale di Roma.

La Corte ha dichiarato illegittimo il lodo Alfano perchè, nel sospendere con legge ordinaria i processi nei confronti delle quattro più alte cariche dello Stato, ha creato una differenziazione di trattamento tra cittadini (violazione art.3 della Costituzione) che può essere compiuta solo con una legge costituzionale (art.138).